Sau năm 1954, tổ chức Cao Đài Cứu Quốc tuyên bố giải thể. Các phái liên hiệp trước đây trở về sinh hoạt riêng rẽ. Một số chức sắc tập kết ra Bắc, hình thành Hội Thánh Duy Nhất thuần túy sinh hoạt tôn giáo dưới sự chỉ đạo của Đảng Cộng sản Việt Nam. Tại miền Nam, Tòa Thánh Tây Ninh dưới sự hậu thuẫn của người Pháp đã trở thành Hội Thánh Cao Đài lớn nhất, đại diện cho cả tôn giáo Cao Đài, có quân đội riêng, có ảnh hưởng chính trị mạnh, đã trở thành cái gai lớn thời Quốc gia Việt Nam dưới Thủ tướng Ngô Đình Diệm. Để dẹp các trở ngại trong việc thâu tóm quyền lực, Thủ tướng Diệm đã mua chuộc, gây chia rẽ trong nội bộ, và cuối cùng tấn công lực lượng quân đội Cao Đài, buộc Hộ pháp Phạm Công Tắc phải lưu vong sang Campuchia cho đến ngày ông liễu đạo.

Hội Thánh Đại Đạo Tam Kỳ Phổ Độ Tòa Thánh Tây Ninh chỉ được công nhận trở lại tại miền Nam từ năm 1965, khi Hội đồng tướng lĩnh lên nắm quyền và muốn xóa đi thành kiến tôn giáo. Dưới thời Đệ Nhị Cộng hòa của Tổng thống Nguyễn Văn Thiệu, các tín đồ tốt nhất chỉ thuần túy sinh hoạt tôn giáo, không nên can thiệp vào chính trị, vì vậy các tổ chức Cao Đài không còn ảnh hưởng mạnh đến chính trị và xã hội như trước.

Các tín đồ Cao Đài một lần nữa phải chịu thử thách khi những người Cộng sản nắm quyền kiểm soát toàn bộ Việt Nam. Nhiều chức sắc Hội Thánh Cao Đài Tòa Thánh Tây Ninh bị chính quyền mới buộc tội là đã cộng tác với những kẻ thù, thậm chí đã tham gia chống đối chính quyền mới. Năm 1979, một Hội đồng Chưởng quản Hội Thánh Đại Đạo Tam Kỳ Phổ Độ được thành lập, đại diện cho giáo hội, đặt dưới sự kiểm soát của chính quyền. Các tổ chức, hệ phái Cao Đài khác cũng là đối tượng công kích, khi bị chính quyền mới buộc tội tuyên truyền cho tệ nạn mê tín. Các hoạt động tôn giáo hoàn toàn bị hạn chế, chỉ giới hạn những sinh hoạt trong nhóm nhỏ tín đồ.

Một tôn giáo lớn tại Việt Nam

Cùng với chính sách mở cửa của chính quyền Việt Nam, các tôn giáo, trong đó có cả Cao Đài giáo cũng được dễ thở hơn. Tòa Thánh Tây Ninh được mở cửa lại cho các hoạt động tôn giáo lớn của hàng triệu tín đồ, thậm chí được xem như một điểm di tích tham quan du lịch nổi tiếng của Việt Nam. Từ năm 1995 đến 2011, chính quyền bắt đầu công nhận các tổ chức tôn giáo Cao Đài như những tổ chức hợp pháp, gồm 9 Hội Thánh Cao Đài, 1 tổ chức giáo hội Cao Đài Việt Nam (Bình Đức), 1 Pháp môn Cao Đài Chiếu Minh Tam Thanh Vô Vi và 18 tổ chức Cao Đài hoạt động độc lập. Ước tính hiện tại, toàn đạo có khoảng gần 3 triệu tín đồ trong cả nước, sinh hoạt tại 38 tỉnh thành, tập trung chủ yếu ở Nam Bộ. Ngoài ra, có khoảng 30.000 tín đồ nữa sống ở Hoa Kỳ, Canada, Campuchia, Châu Âu và Úc.